A partire dal XIV secolo entrano in crisi le caratteristiche fondamentali della teologia naturale medioevale. Entra in crisi la concezione completamente positiva di Dio; e Dio inizia in un certo qual modo a far paura e a procurare sospetti irrazionali.
Nascono in questo periodo due elementi filosofici sulla natura di Dio, in precedenza ritenuti inconcepibili sul piano logico:
...che Dio possa essere anche cattivo;
...che Dio possa agire anche illogicamente.

...che Dio possa essere anche cattivo

Giovanni Eckhart, esponente più rappresentativo della mistica tedesca, così si esprime su Dio: «Dio non è né essere né bontà. [...] Chi dicesse che Dio è buono gli farebbe torto come chi dicesse nero il sole».
Dunque, si inizia a mettere in discussione la convinzione secondo cui Dio sia costitutivamente buono e solo buono.
A riguardo un contributo forte lo dà il nominalismo, cioè quella dottrina filosofica che nega l’esistenza delle nozioni universali, riducendole a semplici nomi. Il nominalista Guglielmo di Ockham nega il metodo analogico della Scolastica. Cioè il fatto – per dirla semplicemente – che c’è analogia tra Dio e il creato, essendo “essere” tanto Dio quanto le realtà create. Negando il metodo analogico, Guglielmo di Ockham afferma che gli universali sono solo dei nomi a cui non corrispondono delle realtà. Dunque, dall’osservazione della realtà naturale non sarebbe più possibile conoscere la natura di Dio. E così Guglielmo di Ockham può affermare che il bene non costituisce essenzialmente Dio; piuttosto esso sarebbe stato liberamente deciso da Dio. Questi avrebbe anche potuto decidere di rendere il bene male e il male bene; e tutto ciò va a incidere sensibilmente sulla nuova idea di Dio che si sviluppa nel XIV secolo.

...che Dio possa agire anche illogicamente

Il rifiuto del metodo analogico e la riduzione degli universali a semplici nomi causano l’impossibilità di porre analogicamente nella natura di Dio la stessa logica esistente nella natura creata.
La filosofia che si sviluppa nel XIV secolo è ancora una filosofia con una impostazione realista; pertanto è una filosofia che non arriva a negare le leggi logiche che caratterizzano il funzionamento del reale: soprattutto il principio di non contraddizione, e cioè che non si può affermare una cosa e negarla allo stesso tempo.
Ma questo principio di non contraddizione non è più dimostrabile nella natura di Dio. Se precedentemente la Scolastica poteva affermare l’impossibilità di Dio a contraddirsi, adesso parte della filosofia di questo secolo arriva ad affermare che Dio può anche contraddirsi.
Giovanni Eckhart afferma che Dio è l’essere e lo fa con tesi rigorosamente logiche, ma nega all’essere di Dio tutte le determinazioni, tranne la sostanza. Dio diviene l’indefinibile... e diviene anche l’ente che può essere tutto e il contrario di tutto.
Dio, essendo al di là della contraddizione, diviene anche l’illogico e l’assurdo, di conseguenza i problemi religiosi non possono essere risolti anche con la logica, ma solo con la mistica. Questo è un esito che si può definire paradossale in Eckhart se si pensa che egli sostiene una priorità ontologica (cioè di valore sostanziale) della conoscenza sull’essere – è il celebre: «Intelligere est altius quam esse» – ma, seppur paradossale, è un esito coerente. Il ritenere che l’unico approccio nei confronti di Dio sia l’abbandonarsi ciecamente a Lui, vuol dire quasi esorcizzare quella progressiva paura per un essere la cui bontà, se affermata categoricamente dall’autorità della Rivelazione – e quindi accettata dalla risposta della fede –, non è affatto scontata sul piano dell’indagine e dell’evidenza razionali.

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