Il suo affetto paterno non aveva nulla di finto o di assenza di calore umano, ma era fondato sul «munus», a cui il Superiore della provincia lo aveva deputato.
«Ricordo – dice Padre Emmanuele – la tremenda visibile angoscia che lo prese quando si era in chiesa per le faccende (straordinarie, se ben ricordo) e uno cadde da qualche gradino della scala a pioli. Ci furono influenze e malatini tra metà inverno e primavera ed egli – nonostante le scarsissime provvidenze – fu provvido e sollecito, specialmente col conforto della presenza. Mi consta che la carità della presenza al capezzale dei confratelli l’ha praticata religiosamente fino all’ultimo [...].
La verità è che c’innamorammo tutti di quella figura, dolce e risoluta, mistica e paterna ed imparammo ad amarlo».
Ma l’amore non annulla tutte le debolezze radicate nel cuore dell’uomo ed ogni tanto soffre e fa soffrire e in tali circostanze Padre Pio non rifuggiva – se necessario – da interventi alquanto insoliti e forse drastici... Tuttavia interventi amari, la cui radice può essere l’agitazione o l’animo stravolto, Padre Pio non li ha proprio conosciuti.
Dava relazione dell’andamento del collegio al Padre Benedetto, sia a voce che per iscritto, suggerendogli anche di mandare lettere direttamente ai collegiali stessi per un’esortazione o per una tiratina d’orecchio o perché insensibili ai rimproveri o perché scappati in gruppo, durante una passeggiata, da San Giovanni Rotondo al convento di Vico del Gargano.
Padre Federico da Macchia Valfortore, discepolo di Padre Pio negli anni 1916-1918, anche se ragazzo di dodici anni, restò impressionato dal continuo pregare del suo Padre spirituale e del suo poco mangiare: «Pregava sempre, notte e giorno. La sua prima cattedra per noi era il coro, dove egli passava lunghe ore della giornata in ginocchio, quale fedele adoratore di Gesù sacramentato. In mezzo a noi egli pregava e rispondeva, tenendo sempre nella destra la corona del Rosario, nascosta nella pettorina. A refettorio, dopo aver preso in fretta e svogliatamente pochissimi bocconi, seguitava a pregare. E non ricordo mai che il nostro Padre spirituale abbia fatto qualche eccezione al suo scarso vitto, neppure a Natale e Pasqua. Per tutti era festa, ma per Padre Pio era sempre digiuno e preghiera. Soleva dirci: “Vorrei che il giorno fosse di quarantotto ore!”. Infatti non lasciava il coro se non a mezzanotte; quando veniva a letto in camerata lo sentivamo sempre in veglia. La sua giornata era un continuo colloquio con Dio. Qual Paradiso!... allora il mondo non entrava a turbare la giornata di Padre Pio».
Ed anche quando il mondo si accorge di questo «uomo nascosto» e rumorosamente si reca a rompere il silenzio dell’eremo, il «Padre spirituale prega e risponde a tutti, tenendo sempre nascosta nella pettorina la sua destra con la corona del Rosario».
Questo è l’atleta che ha chiuso i suoi occhi alla terra mentre la sua mano sgranava l’ultima Ave Maria. [...]. Egli, pur assediato da moltitudini, era rimasto sempre l’uomo solitario con la preghiera e il digiuno.
Padre Pio seguiva i suoi ragazzi, anche i venuti meno, come poteva, con la parola viva e con la parola scritta.
Durante il suo direttorato si notano pure fatti non ordinari. Ne riferiamo soltanto due.
In quel tempo (1916-1917) i collegiali dormivano in due camerate in fondo al corridoio, a destra dell’attuale stanza di Padre Pio. In una vi erano tutti i letti dei collegiali, nell’altra vi era il letto del Padre Pio, nascosto da due teli bianchi che pendevano da due ferri, doppi un paio di centimetri. Nel muro che separava le due stanze vi era una finestrina senza vetro, dalla quale Padre Pio, pur rimanendo a letto, poteva vigilare i collegiali che dormivano.
Nella stanza nella quale dormiva Padre Pio vi era il posto per un altro letto «e questo venne occupato sempre da me. Una notte mi svegliai di colpo per un grande fracasso. A occhi aperti e ben nascosto nelle coperte, io sentivo che Padre Pio gemeva e ripeteva solo le parole: “Madonna mia!...”. Dall’altra sentivo sghignazzate e rumori di ferri che si storcevano e cadevano a terra e catene che rumoreggiavano sul pavimento.
Non so quanto tempo durò questa scena, ma è certo che io rimasi senza fiato, nascosto come un topo sotto i muri di una casa in rovina.
Al mattino, prima che suonasse la sveglia, appena riuscii a liberare la testa dalle coperte, al tenue chiarore del lumicino, vidi con spavento che i ferri dei teli erano contorti e Padre Pio, con un occhio gonfio e dolorante, era seduto sulla sedia.
Corsi subito dal Padre tutto spaventato e, buttandomi ai suoi piedi, gridai: “Padre, padre, ma cosa è avvenuto questa notte?”. Padre Pio mi baciò, mi rassicurò e mi disse di stare zitto, e poi mi disse di andare a chiamare Padre Paolino che dormiva in una stanza separata.
Venne, parlò con Padre Pio; e quando noi già eravamo levati e pronti per andare al coro ad ascoltare la Santa Messa, con voce trattenuta ed emozionata ci disse di pregare molto e di non dir parola alcuna su quanto era avvenuto nella notte.
Noi stemmo zitti e addolorati ma, curiosi per natura, ci demmo subito da fare per sapere cosa era successo intorno al letto di Padre Pio.
Qualche ora dopo venne il fabbro mastro Vincenzo, che portò i ferri contorti nell’orto del convento e poi all’officina e in giornata mise tutto a posto.
Padre Pio tacque per qualche tempo, ma poi, dietro le nostre insistenze, un giorno spontaneamente ci fece sapere il segreto di tutto. Il Padre, dopo averci raccomandato ancora una volta di addormentarci sempre con la preghiera sulle labbra, ci disse: “Voi volete sapere perché il diavolo mi ha fatto una solenne bastonatura: per difendere, da padre spirituale, uno di voi. Il tizio era in preda ad una forte tentazione contro la purezza e, mentre invocava la Madonna, spiritualmente invocava anche il mio aiuto. Immediatamente corsi in suo sollievo e, sorretti dalla corona della Madonna, abbiamo vinto. Il ragazzo tentato, libero dalla tentazione, si addormentò fino al mattino, mentre io sostenni la lotta, fui bastonato, ma ho vinto la battaglia”» (Emilio da Matrice, I ricordi del cuore, dattiloscritto, pp. 4ss).
Da quel giorno i giovanetti nel mettersi a letto recitavano assieme alle altre preghiere anche tre Ave Maria alla Madonna per la custodia della purezza.
«Il nostro Padre spirituale, non solo pensava alle nostre coscienze, alle conferenze, alle nostre Confessioni, ma ci accompagnava anche a passeggio, facendo sempre discorsi buoni, ascetici e di santa allegria. È bene che dica per inciso che Padre Pio, durante la sua vita, ha raccontato migliaia di volte i fatti che sapeva, ma riusciva sempre nuovo e brillante, perché ogni volta sapeva aggiungere circostanze nuove ed appropriate alle circostanze nelle quali ci si trovava. Alle volte diceva: lo volete di prima o di seconda classe?
Un giovedì, all’ora consueta, uscimmo per il passeggio e prendemmo il piccolo sentiero che dal piazzale del Convento immetteva sulla strada nazionale San Giovanni Rotondo-Borgo Celano. Terminate le nostre preghiere, ci avvicinammo tutti al caro Padre, pregandolo che ci dicesse qualche fatto bello; ma il Padre quel giorno era triste oltre ogni dire.
La tristezza del Padre e la curiosità sempre più viva delle nostre anime accrescevano la nostra insistenza. Ad un tratto però Padre Pio scoppiò in pianto e disse: “Uno di voi mi ha trafitto il cuore”.
Fu un fulmine a ciel sereno, come suol dirsi! Vinti, però, dal pianto del Padre e dal nostro spavento, ci sentimmo più forti nella curiosità, e vincemmo. Padre Pio, divenuto molto serio, ci disse: «Proprio questa mattina uno di voi ha fatto la Comunione sacrilega! E dire che sono stato io stesso a fargliela durante la Messa conventuale».
A tali parole uno di noi (di cui ricordo il nome) cadde in ginocchio e disse piangendo: “Sono stato io”.
Rimanemmo sbalorditi ed atterriti; ma il Padre qualche istante dopo fece alzare colui che era in ginocchio, ci pregò di allontanarci da lui e rimase col nostro compagno colpevole. Camminarono un poco insieme, poi si fermarono, appoggiandosi al muretto di un ponticello ed egli confessò il sacrilego, che chiedeva col pianto la grazia dell’assoluzione. Immediatamente il gruppo si ricompose e proseguimmo lieti la passeggiata» (Emilio da Matrice, I ricordi del cuore, p. 24).

cf. Alessandro da Ripabottoni,
Padre Pio da Pietrelcina, pp. 169-174