Il Santuario dell’Incoronata è sorto in seguito ad un’apparizione mariana avvenuta il 26 aprile 1001, ultimo sabato del mese, nel Bosco del Cervaro, presso Foggia. La Madonna si è manifestata a due persone contemporaneamente: al conte di Ariano Irpino che era nel bosco per una battuta di caccia, e a Nicola Strazzacappa che conduceva i buoi al pascolo. Entrambi furono attirati da uno spettacolo insolito: una quercia sembrava avvolta dalle fiamme ma non bruciava. Avvicinandosi udirono una voce: «Non abbiate paura. Io sono la Madre di Dio e voglio che sia eretta una cappella in questo luogo che renderò famoso per le grazie che concederò a coloro che le chiederanno con fede e umiltà». Poi il bagliore finì e scorsero tra i rami della quercia una statua della Madonna con il Bambino Gesù in braccio, di colore scuro. Furono poi spettatori di un’altra meraviglia: videro scendere dall’alto una schiera di angeli che incoronarono la Madonna, ponendo sul suo capo una preziosa corona. Il pastore Strazzacappa per onorare la Madonna prese una caldarella e versatovi dell’olio lo accese a mo’ di lampada dinanzi alla statua della Vergine. Il fuoco di questa rustica lampada durò per tanto tempo senza consumarsi, richiamando tanti che, ungendosi con l’olio, venivano sollevati e guariti. Cominciò così l’afflusso sempre crescente di fedeli soprattutto dalle campagne vicine, e poi dai paesi vicini. Il conte di Ariano fece costruire la prima cappella. Successivamente fu edificato il Santuario che divenne centro di devozione e di attrazione mariana di tutta la Capitanata, fino ad oggi.
San Pio da Pietrelcina nutrì devozione per la Madonna Incoronata, che fu presente in un certo modo nella sua vita fin dall’infanzia. È interessante sapere che a Pietrelcina all’ingresso della zona antica del paese vi è una edicola raffigurante la Madonna Incoronata sull’albero, con ai lati sant’Antonio e san Michele arcangelo. È nota come la “Porta Madonnella”, e si trova a pochi metri dall’abitazione paterna di san Pio. Presso questa edicola Francesco fin da bambino, nelle sere d’estate, pregava il Rosario insieme ad altri vicini. È stato scritto che qui, da giovane sacerdote costretto dalla sua cagionevole salute a rimanere nel suo paese natale, formò il suo primo gruppo di preghiera costituito dalle persone del vicinato che egli riuniva per la recita del Rosario nel mese di maggio e in occasione della “novena” che precedeva la festa dei due Santi.
Non si sa con certezza se padre Pio abbia mai visitato il Santuario dell’Incoronata. Quando il Padre Provinciale, padre Benedetto Nardella, nel febbraio del 1916 invitò san Pio a recarsi a Foggia per assistere spiritualmente Raffaelina Cerase che era gravemente ammalata, disse anche che voleva accompagnarlo a visitare il Santuario, ma non si ha nessuna documentazione di tale eventuale visita. È certo che padre Pio il 17 febbraio partì da Pietrelcina e arrivò a Foggia, dove rimase fino al 4 settembre dello stesso anno, ed è molto probabile che in questo arco di tempo il Provinciale abbia messo in atto il suo divisamento, conducendo il suo figlio spirituale all’Incoronata.
Durante la sua lunga permanenza a San Giovanni Rotondo padre Pio ebbe modo di venerare la prodigiosa statua dell’Incoronata, ma non perché vi andò... fu la Madonna a visitarlo. Durante la seconda Guerra mondiale il bosco intorno al Santuario dell’Incoronata divenne nascondiglio di truppe di soldati e di armi, divenendo anche un potenziale bersaglio di offensive nemiche. Per questo mons. Paolo Farina, vescovo di Foggia, volle trasferire la statua di Maria nella cattedrale di Troia, luogo più sicuro, dove rimase dal 1943 al 26 aprile 1946. In questo giorno anniversario dell’apparizione, l’amata effigie fece ritorno nel suo Santuario, accolta calorosamente dai fedeli. Qualche anno dopo, per riaccendere nel popolo la devozione e festeggiarne il ritorno, fu organizzata una peregrinatio dell’Incoronata in ben 47 paesi della Capitanata, da compiersi in 14 giorni: dal 28 marzo al 10 aprile 1948. San Giovanni Rotondo fu tra i paesi visitati dall’Incoronata. Vi giunse il 7 aprile e vi rimase solo due ore, nel pomeriggio. Padre Pio insieme ai suoi confratelli andò ad accogliere la Madonna e si unì al corteo che l’accompagnava, ma poiché non riusciva a camminare con speditezza, fu fatto salire sulla macchina che trasportava in processione la Vergine Incoronata per le vie del paese, come documentano anche alcune foto che mostrano il Santo accanto al conducente. 
Nel 1950 il Santuario fu affidato ai Figli della Divina Provvidenza, fondati da san Luigi Orione che tanta parte ebbe nella difesa di padre Pio presso la Santa Sede. I due Santi non si incontrarono mai, ma erano uniti da forti legami spirituali. Padre Pio una volta, parlando con un suo figlio spirituale e volendo esprimere tutta la sua stima per don Orione, ne attestò la santità e si disse indegno di toccargli l’orlo della veste. Quando alcuni membri della Congregazione di Don Orione cominciarono ad officiare il Santuario, si avvidero ben presto della fatiscenza della struttura ormai obsoleta e progettarono di edificare un nuovo Santuario, ma l’impresa si presentava difficile, soprattutto per gli elevati costi preventivati. A incoraggiarli fu proprio padre Pio, come racconta il rettore don Giuseppe Callegari che salì a San Giovanni Rotondo per chiedere consiglio: «Padre Pio pareva ci aspettasse. Ci ricevette subito con quella bonomia arguta, sottolineata a tratti da quei bellissimi occhi che ti frugavano fino in fondo all’anima, da quel volto sereno che a volte si illuminava di ieratica maestà. Sorrise, non titubò un istante: con sconcertante sicurezza benedisse i progetti e chi andava presentandoglieli, e pronunciò solo poche parole, ma veramente conclusive: “Andate avanti, non temete! La Madonna vi aiuterà”». Non fu l’unica volta che il rettore salì a San Giovanni Rotondo... Ogni volta che le difficoltà sembravano insormontabili egli andava da san Pio per ricevere luce e consigli, e ogni volta se ne partiva rassicurato e incoraggiato a proseguire.
Così il Santuario dell’Incoronata ebbe tra i suoi benefattori spirituali anche il Santo di Pietrelcina, come testimonia una formella di marmo che porta inciso il nome di “Padre Pio”, tra le altre che ricordano i principali benefattori. Fu il rettore don Callegari a volere questa formella, affinché: «Continui dal Cielo, ove piamente lo pensiamo insieme al nostro don Orione, il buon Padre a guidarci, ad illuminarci, a pregare per noi, egli che ai piedi del Trono della Vergine sta cogliendo il premio d’una vita tutta spesa nel servizio divino».  

di Suor M. Gabriella Iannelli, FI